Thomayerově nemocnici byla udělena akreditace MZ pro specializační vzdělávání nebo zaměření doplňující odborné praxe podle zákona č. 95/2004 Sb., o podmínkách získávání a uznávání odborné způsobilosti a specializované způsobilosti k výkonu zdravotnického povolání lékaře, zubního lékaře a farmaceuta v těchto specializačních oborech:
Alergologie a klinická imunologie
Anesteziologie a resuscitace
Dětská a dorostová psychiatrie
Dětská chirurgie
Dětská neurologie
Dětské lékařství
Diabetologie a endokrinologie
Gastroenterologie
Geriatrie
Gynekologie a porodnictví
Hematologie a transfuzní lékařství
Hrudní chirurgie
Chirurgie
Infekční lékařství
Intenzivní medicína
Klinická biochemie
Klinická farmacie
Klinická onkologie
Klinická osteologie
Klinická výživa a intenzivní metabolická péče
Lékařská genetika
Lékařská mikrobiologie
Medicína dlouhodobé péče
Nemocniční lekárenství
Neonatologie
Neurologie
Oftalmologie
Onkochirurgie
Otorinolaryngologie
Patologie
Pneumologie a ftizeologie
Praktické lékařství pro děti a dorost
Radiační onkologie
Radiologie a zobrazovací metody
Rehabilitační a fyzikální medicína
Revmatologie
Traumatologie
Urologie
Veřejné lékárenství
Vnitřní lékařství
Všeobecné praktické lékařství